（一）区分本罪与非罪的界限
本罪以聚众扰乱军事管理区秩序“情节严重”，“致使军事管理区工作无法进行”，“造成严重损失”作为犯罪构成要件。认定时，这三个条件必须同时具备，缺一不可。否则，不构成犯罪。情节轻微，尚不够刑事处罚的，比照《治安管理处罚条例》第十九条处罚。
（二）区分本罪与聚众扰乱社会秩序罪的界限
聚众扰乱社会秩序罪，是指聚众扰乱社会秩序，情节严重，致使工作、生产、营业和教学、科研无法进行，造成严重损失的行为。两罪在犯罪主体、主观方面、客观方面相同或者近似，其主要区别在于：一是犯罪客体不同。前者侵犯的直接客体是军事管理区秩序；后者侵犯的直接客体是社会管理秩序。二是犯罪对象不同。前者的犯罪对象是军事管理区，后者的犯罪对象是非军事管理区。
