公司员工加班要扣除吃饭时间是合理的。
员工在休息日加班，单位是需要足额支付员工加班费的，但是员工在吃饭时间并没有提供劳动，单位是不需要为员工的吃饭时间支付劳动报酬的。
《劳动法》第四十四条，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
王某是某公司的员工，经常被安排加班。公司在计算加班工资时扣除了吃饭时间。王某对此表示不满，认为不合理，双方产生争议。最终通过劳动仲裁，认定公司扣除吃饭时间计算加班工资的做法不符合法律规定，公司需按照实际加班时间支付王某相应的加班工资。
在这个案例中，清楚地显示出公司扣除加班员工吃饭时间来计算加班工资的行为是不被法律认可的。根据劳动法的规定，劳动者加班期间，即使是吃饭时间，也应视为工作时间的合理延伸，单位不能随意扣除。劳动者应增强自身的法律意识，勇敢地维护自己的合法权益，而用人单位也应当严格按照法律规定来执行，保障员工的正当权益，避免陷入不必要的法律纠纷。
