(一)区分本罪与盗伐林木罪、滥伐林木罪的界限
非法采伐、毁坏国家重点保护植物罪与盗伐林木罪、滥伐林木罪都属于侵害林木资源的犯罪，侵犯的客体都是国家对森林资源保护的管理制度，犯罪主体均包括自然人和单位，且主观罪过形式都是故意，但非法采伐、毁坏国家重点保护植物罪与盗伐林木罪、滥伐林木罪之间仍是有区别的，主要表现在：
(1)犯罪的客体要件不同。非法采伐、毁坏国家重点保护植物罪表现为违反森林法的规定，非法采伐和毁坏国家重点保护植物的行为，其中不仅包括非法采伐的行为，还包括故意毁坏的行为，即使国家重点保护植物的价值或使用价值部分丧失或者全部丧失的行为，如放火、爆炸等方法行为，行为人只要实施了非法采伐、毁坏即可构成本罪，不要求情节是否严重；而盗伐林木罪、滥伐林木罪则分别表现为未经林业行政主管部门批准，私自采伐国有集体或个人承包经营管理的林木的行为 (此为盗伐林木的行为)，和未经林业行政主管部门批准并核发采伐许可证，或虽有许可证，但不按照该许可证的要求而任意采伐的行为 (此为溢伐林木的行为)，其中，构成此两罪的要求具有“数量较大”的非法采伐行为。
(2)犯罪对象不同。非法采伐、毁坏国家重点保护植物罪的对象只能是国家重点保护植物，即《国家重点保护的野生植物名录》和《国家珍贵树种名录》所列的国家重点保护植物，盗伐林木罪和滥伐林木罪的对象则指国家重点保护植物以外的其他各种树木。
(二)区分本罪与故意毁坏财物罪的界限
由于珍贯树木的所有权属于国家，所以，非法采伐、毁坏国家重点保护植物的行为同时也侵犯了国家对国家重点保护植物的所有权，因而与故意毁坏公私财物罪所侵犯的国家、集体与个人财物的所有权有近似之处，区别主要表现为：
(1)犯罪客体不同。非法采伐、毁坏国家重点保护植物罪侵犯的是国家对森林资源保护的管理制度，属于破坏环境资源的犯罪；故意毁坏财物罪侵犯的则是公私财物的所有权，属于侵犯财产的犯罪。
(2)客观要件不同。非法采伐、毁坏国家重点保护植物罪的行为人只要实施了非法采伐、毁坏珍赏树木的行为，就可构成犯罪；而故意毁坏财物罪的行为人除要求实施毁坏公私财物的行为外，还必须达到一定数额和情节，达到数额较大或者情节严重的行为，才构成犯罪。
(3)犯罪对象不同。非法采伐、毁坏国家重点保护植物罪的对象仅为国家重点保护植物；而故意毁坏财物罪的对象，可以是任何公私财物。
(4)主体要件不同。非法采伐、毁坏国家重点保护植物罪的主体既可以是自然人，也可以是单位；而故意毁坏财物罪主体只能是自然人，单位不是该罪主体。
