总公司注销了，分公司也是要注销的。
公司在申请注销时，有分公司的，还应当提交分公司的注销登记证明。
《公司登记管理条例》第四十三条：公司申请注销登记，应当提交下列文件：
（一）公司清算组负责人签署的注销登记申请书；
（二）人民法院的破产裁定、解散裁判文书，公司依照《公司法》作出的决议或者决定，行政机关责令关闭或者公司被撤销的文件；
（三）股东会、股东大会、一人有限责任公司的股东、外商投资的公司董事会或者人民法院、公司批准机关备案、确认的清算报告；
（四）《企业法人营业执照》；
（五）法律、行政法规规定应当提交的其他文件。
国有独资公司申请注销登记，还应当提交国有资产监督管理机构的决定，其中，国务院确定的重要的国有独资公司，还应当提交本级人民政府的批准文件。
有分公司的公司申请注销登记，还应当提交分公司的注销登记证明。
A 公司是一家总公司，旗下有多家分公司。A 公司因经营战略调整决定注销，在办理注销手续时，却忽略了分公司的注销。后相关部门在审查时发现这一问题，要求 A 公司必须先完成分公司的注销登记，否则总公司的注销无法完成。最终，A 公司不得不花费额外的时间和精力去办理分公司的注销手续。
B 公司在注销总公司时，虽然知道要办理分公司注销，但未按规定提交完整的文件，特别是遗漏了分公司的注销登记证明。这导致其注销申请被退回，重新整理文件并提交后才得以顺利完成注销流程。
从上述案例可以看出，总公司注销时，分公司的注销是一个关键且不可忽视的环节。企业在进行此类操作时，必须严格按照法律规定，准备好所有相关文件，尤其是分公司的注销登记证明。否则，可能会面临注销申请受阻、延误时间等问题，甚至可能引发一系列后续的法律风险。同时，企业应当对相关法律法规有清晰的认识和准确的把握，确保在注销过程中依法依规进行，避免不必要的麻烦和损失。
