公司转让是否包括债权债务的转让，据签订的转让协议决定。转让协议有规定的可以转让，比如公司合并，应当由合并各方签订合并协议，债权债务由新成立的公司继承。
《中华人民共和国公司法》第一百七十二条，公司合并可以采取吸收合并或者新设合并。
一个公司吸收其他公司为吸收合并，被吸收的公司解散。两个以上公司合并设立一个新的公司为新设合并，合并各方解散。
A 公司欲将其全部业务转让给 B 公司，在转让协议中明确约定了包括债权债务的一并转让。在转让完成后，A 公司的原债权人向 B 公司主张债权，B 公司依据转让协议承担了相应债务。
在这个案例中，由于转让协议明确包含了债权债务的转让，所以 B 公司需要按照约定承担相应责任。这也提醒我们，在进行公司转让时，对于债权债务的处置必须在协议中明确规定，以避免后续可能出现的纠纷和争议。同时，各方在签订协议前应仔细审查条款，确保自身权益得到充分保障。
C 公司和 D 公司进行合并，双方签订了合并协议，协议中规定了债权债务由合并后新成立的公司继承。在合并过程中，C 公司的部分债权人对该转让提出异议。
根据公司法的规定，公司合并时债权债务的转让是合法有效的。在这种情况下，债权人的异议可能需要依据具体情况来判断是否合理。但总体而言，合并协议依法成立且有效的情况下，新公司对债权债务的继承是应当得到认可的。这也警示相关方，在涉及公司重大变动时，务必遵循法律规定和程序，以确保各方利益得到妥善处理。
