分公司和总公司发票的处理方法如下：
1、如果分公司和总公司之间是独立核算的，可以相互开发票，但开发票的时候，要注意按市场公允价格来计算劳务、商品的价值，不能按自己的需要来计算，这叫关联交易。
2、如果相互之间不是独立核算的，而且又是在同一个区域内，或者经税务机关审批同意汇总缴纳的，可以汇总来汇算企业所得税，但总、分公司之间的交易，一般不得开发票，如果属于跨区域调拨货物等增值税视同销售行为，才能开发票。
《发票管理办法》第三条，本办法所称发票，是指在购销商品、提供或者接受服务以及从事其他经营活动中，开具、收取的收付款凭证。
甲公司在 A 地设有总公司，在 B 地设有分公司，两者独立核算。分公司为总公司提供了一批货物，双方按市场价格开具了发票。后税务机关在检查中发现该交易及发票开具情况，经核实，交易价格合理，符合独立核算下的发票处理规则。
乙公司有总公司和分公司，不独立核算且在同一区域，总公司将货物调拨给分公司，未开具发票，而是进行了内部登记处理，这种做法符合相关规定。
在分公司与总公司的发票处理中，必须严格依据相关法律法规进行操作。如在独立核算情况下，要确保发票开具基于市场公允价格，避免关联交易导致的税务风险。在非独立核算且特定情况下，需明确哪些情形可开发票，哪些应避免开票，以保障企业税务处理的合法性和合规性。一旦违反规定，可能会面临税务处罚等法律后果，企业应保持高度的重视和谨慎。
