竞业限制协议在侵犯商业秘密纠纷中的作用如下：
1、竞业限制协议是用人单位对其商业秘密采取的一种保护措施；
2、可以作为证明被告行为存在违法性的证据；
3、可以作为证明被告过错程度的证据。
《劳动合同法》第二十三条，用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
A 公司是一家高新技术企业，其核心技术人员甲与公司签订了竞业限制协议。后甲离职并加入了与 A 公司有竞争关系的 B 公司。A 公司发现后，以甲违反竞业限制协议为由提起诉讼。法院经审理认为，竞业限制协议有效，甲的行为构成违约，判决甲承担相应违约责任。
在这个案例中，竞业限制协议明确了劳动者的义务和责任。A 公司通过与核心技术人员签订该协议，有效地保护了自身的商业秘密。而甲违反协议加入竞争对手公司，其行为显然侵犯了 A 公司的权益。法院的判决合理合法，维护了用人单位基于竞业限制协议所应享有的权利。
C 公司的重要员工乙在离职时，与公司签订了竞业限制协议。但乙在竞业限制期内，通过他人代持股份的方式，隐性地参与了与 C 公司竞争的业务。C 公司通过调查发现了这一情况并提起诉讼。最终，法院认定乙违反竞业限制协议，应承担违约责任。
此案例中乙的行为具有一定隐蔽性，但仍逃不过法律的制裁。竞业限制协议的意义不仅在于明确表面的竞业行为，对于这种隐性的违反行为同样适用。C 公司通过法律手段维护了自身权益，也给其他试图违反竞业限制协议的人敲响了警钟。用人单位应善于利用竞业限制协议来保护商业秘密，劳动者也应严格遵守协议约定，否则将面临法律责任。
