(一)本罪与妨害传染病防治罪的界限
两者存在诸多相同之处，如都妨害了社会管理秩序，都以违反有关行政法规的规定为前提，都有引起传染病传播或有传播严重危险的后果，犯罪主体均为一般主体，主观方面皆出自过失，等等。两罪的主要区别在于：(1)犯罪的直接客体不同。前者侵犯的主要是国境卫生检疫的管理制度；而后者侵犯的是国家关于传染病防治的管理制度。(2)违反的行政法规不同。前者违反的是国境卫生检疫法的有关规定；后者违反的是传染病防治法的有关规定。(3)危害结果不同。前者引起了鼠疫、霍乱、黄热病、艾滋病等检疫传染病传播或者有传播严重危险；后者则是引起了鼠疫、霍乱等甲类传染病的传播或者有传播严重危险。
(二)妨害国境卫生检疫罪与传染病防治失职罪的界限
二者存在某些相似之处，比如，二者都违反了国境卫生检疫法的有关规定；都可能造成了检疫传染病的传播；都危害了公共安全；都是出自过失。两者的主要区别在于：(1)犯罪的主要客体不同。前者侵犯的主要客体是国境卫生检疫管理制度，后者侵害的主要客体是国家对传染病防治工作进行监管的正常活动。(2)行为的非法性不同。前者的非法性在于行为人违反了应当接受国境卫生检疫的义务；后者的非法性则在于行为人违背了对传染病防治进行监督管理的职责，既可能是国境卫生检疫职责，也可能是其他传染病防治监管职责。(3)犯罪的危害结果不同。就危害结果的形态而言，前者既包括实害结果 (引起检疫传染病传播)，也包括危险结果 (引起检疫传染病传播的严重危险)；而后者只包括实害结果一种，即必须发生导致传染病传播或者流行且情节严重的事实情况。就造成传播的传染病的种类而言，前者只包括鼠疫、霍乱、艾滋病等检疫传染病，范围较窄；后者则包括所有法定管理的3类35种传染病，种类繁多。(4)犯罪主体不同。前者是一般主体，自然人和单位均可成其主体；后者是特殊主体，仅限于从事传染病防治的政府卫生行政部门工作人员，其他自然人或者单位不能成为该罪主体。
