协议管辖是由当事人在合同是约定的，债权债务合同有约定协议管辖的，申请支付令时，向协议管辖的法院申请。
《中华人民共和国民事诉讼法》第三十四条 协议管辖
合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。
《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》
第四百二十七条 两个以上人民法院都有管辖权的，债权人可以向其中一个基层人民法院申请支付令。
债权人向两个以上有管辖权的基层人民法院申请支付令的，由最先立案的人民法院管辖。
(一)在审理级别上，协议管辖仅适用于第一审民事案件。
当事人在协议时只能约定一审的地域管辖，不得变更级别管辖，将依法应由基层法院管辖的诉讼约定由中级法院或者高级法院管辖，或者相反，否则就会违背民事诉讼法有关审级的规定，造成审级混乱。
(二)在管辖类型上，协议管辖限于非专属管辖的诉讼。
对于专属管辖诉讼，《民事诉讼法》第33条规定：下列案件，由本条规定的人民法院专属管辖：
1、因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖；
2、因港口作业中发生的纠纷提起的诉讼，由港口所在地人民法院管辖；
3、因继承遗产纠纷提起的诉讼，由被继承人死亡时住所地或者主要遗产所在地人民法院管辖。
由于专属管辖是按照诉讼标的的特殊性所确定的管辖，具有强制性，因此不允许当事人通过协议改变。
(三)在表现形式上，协议管辖为要式行为，必须采用书面形式。
由于《民事诉讼法》第34条要求协议管辖必须采取书面形式，因此，以口头形式约定管辖法院的，约定无效。
申请法院支付令的情形如下：
债权人请求债务人给付金钱、有价证券，符合下列条件的，可以向有管辖权的基层人民法院申请支付令：
(一)债权人与债务人没有其他债务纠纷的；
(二)支付令能够送达债务人的。
《民事诉讼法》第二百一十四条 申请支付令条件
债权人请求债务人给付金钱、有价证券，符合下列条件的，可以向有管辖权的基层人民法院申请支付令：
(一)债权人与债务人没有其他债务纠纷的；
(二)支付令能够送达债务人的。申请书应当写明请求给付金钱或者有价证券的数量和所根据的事实、证据。
《中华人民共和国劳动合同法》第三十条 用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。
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