商标侵权的认定部门是工商行政管理部门或人民法院。
《商标法》第六十条规定：有本法第五十七条所列侵犯注册商标专用权行为之一，引起纠纷的，由当事人协商解决；
不愿协商或者协商不成的，商标注册人或者利害关系人可以向人民法院起诉，也可以请求工商行政管理部门处理。
工商行政管理部门处理时，认定侵权行为成立的，责令立即停止侵权行为，没收、销毁侵权商品和主要用于制造侵权商品、伪造注册商标标识的工具；
违法经营额五万元以上的，可以处违法经营额五倍以下的罚款，没有违法经营额或者违法经营额不足五万元的，可以处二十五万元以下的罚款。
案例一：甲公司生产的某产品与乙公司已注册的商标在外观和名称上高度相似，乙公司发现后向工商行政管理部门投诉。经调查认定，甲公司的行为构成商标侵权，工商行政管理部门依法对其进行了处罚，包括责令停止侵权行为、没收相关商品等。
案例二：丙公司未经许可使用了丁公司的注册商标用于其产品宣传，丁公司将丙公司诉至人民法院。法院经审理后判定丙公司的行为侵犯了丁公司的商标权，并要求丙公司承担相应的赔偿责任。
在商标侵权的认定中，工商行政管理部门和人民法院都起着重要的作用。工商行政管理部门可依职权主动进行查处，能高效地制止侵权行为并给予相应处罚。而人民法院则能在全面审查案件事实和证据的基础上，作出具有权威性和终局性的判决。在实践中，当事人应根据具体情况选择合适的途径来维护自身的商标权益。无论是通过工商行政管理部门还是人民法院，关键在于提供充分的证据来证明侵权行为的存在，以便获得有效的法律保护。同时，对于企业而言，要增强商标保护意识，依法使用和保护自己的商标，避免侵权行为的发生，以维护公平竞争的市场环境。
