职务侵占罪在调查时是会查公司账目的，职务侵占罪的认定应遵循以事实为依据、以法律为准绳的基本原则。
职务侵占罪是指公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为。
《刑法》第二百七十一条，公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；数额巨大的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金。
国有公司、企业或者其他国有单位中从事公务的人员和国有公司、企业或者其他国有单位委派到非国有公司、企业以及其他单位从事公务的人员有前款行为的，依照本法第三百八十二条、第三百八十三条的规定定罪处罚。
案例一：王某是某公司的财务主管，其利用职务之便，多次将公司款项转入自己私人账户。在调查过程中，司法机关对公司账目进行了详细审查，最终确认了王某的职务侵占行为。
案例二：李某在一家企业担任销售经理，通过伪造销售数据等手段侵占公司财物。侦查机关通过查阅公司账目，发现了其中的端倪，进而将李某绳之以法。
从上述案例可以看出，查公司账目对于职务侵占罪的认定至关重要。通过对账目进行仔细梳理和分析，能够发现资金的异常流向和侵占行为的蛛丝马迹。在司法实践中，这是认定犯罪事实的重要证据来源。同时也提醒公司、企业等单位要加强财务管理和监督，防止内部人员利用漏洞实施职务侵占行为。一旦发现此类情况，应及时报案并配合司法机关的调查，以维护自身合法权益。
