确认股东出资无效由被告股东所在地的基层人民法院管辖。对公民提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖；被告住所地与经常居住地不一致的，由经常居住地人民法院管辖。对法人或者其他组织提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖。
《中华人民共和国民事诉讼法》第二十一条，对公民提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖；被告住所地与经常居住地不一致的，由经常居住地人民法院管辖。对法人或者其他组织提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖。
甲公司的股东 A 被其他股东诉至法院，要求确认其出资无效。A 的住所地为某市 B 区，该案件便由 B 区的基层人民法院进行管辖审理。在审理过程中，法院依据相关法律规定和证据，对股东出资是否无效进行了细致的审查和判断。
乙公司的股东 C 出资的财产存在争议，其他股东向 C 所在地的基层人民法院提起诉讼，要求确认其出资无效。法院依法受理后，严格按照民事诉讼的程序和要求开展审判工作。
在这类案件中，明确管辖法院至关重要，这能确保司法程序的有序进行。基层人民法院作为初审法院，能更全面、细致地审查案件事实和证据。同时，法律对于管辖的明确规定，保障了当事人的诉讼权利，使得案件能够在合适的司法管辖区域内得到公正、高效的处理。在实践中，当事人和律师应准确把握管辖规则，依法维护自身权益。当遇到股东出资无效的争议时，要依据法律规定及时向有管辖权的法院提起诉讼，以保障公司和其他股东的合法权益。
