做肠镜时肠穿孔是否属于医疗事故要经过医疗技术鉴定才能判断。
但如果有以下情形导致事故发生的，一般不能认定为是医疗事故：
（一）在紧急情况下为抢救垂危患者生命而采取紧急医学措施造成不良后果的；
（二）在医疗活动中由于患者病情异常或者患者体质特殊而发生医疗意外的；
（三）在现有医学科学技术条件下，发生无法预料或者不能防范的不良后果的；
（四）无过错输血感染造成不良后果的；
（五）因患方原因延误诊疗导致不良后果的；
（六）因不可抗力造成不良后果的。
《医疗事故处理条例》第二条，本条例所称医疗事故，是指医疗机构及其医务人员在医疗活动中，违反医疗卫生管理法律、行政法规、部门规章和诊疗护理规范、常规，过失造成患者人身损害的事故。
案例一：患者王某在某医院进行肠镜检查，过程中发生肠穿孔，但经鉴定，是由于患者自身肠道结构异常且在检查时不配合导致，医院已尽到相应注意义务，最终认定不属于医疗事故。
案例二：张某在另一医院做肠镜后出现肠穿孔，经调查发现是医生操作不当，严重违反诊疗规范造成，该情况被认定为医疗事故。
在判断做肠镜时肠穿孔是否为医疗事故时，必须依据具体情况综合考量。若医院严格遵循相关规定与操作流程，而患者存在特殊体质或其他不可预见的因素导致肠穿孔，不能简单认定为医疗事故；但若是医院或医务人员存在明显过错，如违反操作常规等导致肠穿孔，那大概率会被认定为医疗事故。患者及家属应理性对待，通过合法途径寻求解决，而医疗机构也应不断提升医疗技术水平和服务质量，减少此类纠纷的发生。
