专利管理机关可以处理下列纠纷：
1、专利侵权纠纷；
2、有关发明专利申请公布后，专利权授予前，他人实施发明的费用纠纷；
3、专利申请权和专利权归属纠纷；
4、关于对职务发明人奖励和报酬的纠纷。
《专利法》第六十条，未经专利权人许可，实施其专利，即侵犯其专利权，引起纠纷的，由当事人协商解决；不愿协商或者协商不成的，专利权人或者利害关系人可以向人民法院起诉，也可以请求管理专利工作的部门处理。管理专利工作的部门处理时，认定侵权行为成立的，可以责令侵权人立即停止侵权行为，当事人不服的，可以自收到处理通知之日起十五日内依照《中华人民共和国行政诉讼法》向人民法院起诉；侵权人期满不起诉又不停止侵权行为的，管理专利工作的部门可以申请人民法院强制执行。进行处理的管理专利工作的部门应当事人的请求，可以就侵犯专利权的赔偿数额进行调解；调解不成的，当事人可以依照《中华人民共和国民事诉讼法》向人民法院起诉。
案例一：A 公司拥有一项重要专利，发现 B 企业在未经许可的情况下使用了该专利技术。A 公司向专利管理机关提起纠纷处理申请，专利管理机关经过调查认定侵权行为成立，责令 B 企业立即停止侵权行为。
案例二：C 个人的专利申请权与 D 公司产生了归属纠纷，双方协商不成后，共同请求专利管理机关进行处理，专利管理机关依据相关规定对该纠纷进行了审查和判定。
在专利纠纷中，专利管理机关依据法律规定有权处理多种类型的纠纷，这为专利权人及利害关系人提供了重要的解决途径。从上述案例可以看出，当遇到侵权或其他相关纠纷时，及时向专利管理机关寻求帮助是有效的举措。然而，当事人对于专利管理机关的处理结果也需谨慎对待，若不服处理通知，应在规定时间内通过合法途径进行申诉。同时，在赔偿数额等问题上，专利管理机关的调解也并非终局性的，必要时仍需通过法院诉讼来确保自身合法权益得到充分保障。专利权利人应熟知自身权利和救济途径，以更好地维护自身的知识产权。
