司法机关认定走私废物罪时，应当注意以下几个问题：
（一）划清走私废物罪与非法处置进口的固体废物罪的界限。两者的区别是，前者逃避海关监管，后者则不逃避海关监管；前者处罚的是走私行为，后者处罚的是将固体废物在我国境内倾倒、堆放、处置的行为。因此，如果行为人走私固体废物并在我国境内倾倒、堆放、处置的，则既构成走私废物罪，又构成非法处置进口的固体废物罪，应当实行并罚。
（二）划清走私废物罪与擅自进口固体废物罪的界限。两者的区别，一是侵犯的客体不同。前者侵犯的主要是海关的监管制度，后者侵犯的则是国家的环境保护制度。二是客观方面的表现不同。前者表现为逃避海关监管的行为，后者则不逃避海关监管。三是前者属于行为犯，行为人只要走私固体废物、液态废物、气态废物就构成犯罪，而后者则是结果犯，要求造成重大环境污染事故，致使公私财产遭受重大损失或者严重危害人体健康。四是犯罪对象不同。前者走私的废物应当理解为国家禁止进口的固体废物、液态废物、气态废物，而后者进口的则是国家限制进口的固体废物，如果将这些固体废物进口用作原料，必须经国务院有关部门批准。
（三）本罪属概括性罪名而非选择性罪名。主要考虑三点：一是罪状与罪名有密切联系，必须严格根据刑法分则条文中对罪状的描述来确定罪名。但罪状并不等于罪名，罪状包含在刑法分则条文规定的罪状之中，是对某种犯罪的本质特征或者主要特征的高度概括。罪状与罪名是内容与形式的关系。本罪的罪状是：“逃避海关监管，将境外固体废物、液态废物和气态废物运输进境，情节严重的”，而“走私废物罪”就是对本罪主要特征的高度概括。二是选择性罪名属于性质相同的犯罪。某一种行为虽然触犯某种犯罪的多种不同行为方式、多种不同行为对象，但由于其对社会的危害性大致相当，不需要实行数罪并罚，因而采用选择性罪名，如刑法第一百五十二条第一款规定的“非法制造、买卖、运输、邮寄、储存枪支、弹药、爆炸物罪。”而本罪所走私的固体废物、液态废物和气态废物属于废物的形态，不涉及行为选择或者对象选择的问题，且三种废物都具有“废物”这一共同特征，因此不需要采用选择性罪名，而应当采用概括性罪名，行为人只要走私上述三种废物中的一种废物就构成本罪。三是走私废物罪与刑法第三百三十九条第一、二款规定的“非法处置进口的固体废物罪”、“擅自进口固体废物罪”的用语不一致，主要由于刑法对后两种犯罪的对象作了特别规定。
（四）根据刑法第一百五十六条的规定，与走私废物的犯罪分子通谋，为其提供贷款、资金、账号、发票、证明，或者为其提供运输、保管、邮寄或者其他方便的，以走私废物罪的共犯论处。
（五）根据刑法第一百五十七条第二款的规定，以暴力、威胁方法抗拒缉私的，以走私废物罪和妨害公务罪实行数罪并罚。
