本罪与非罪的界限
认定本罪，一看行为人的行为是否违反规章制度。如果行为人的行为是照章行事的，不违反规章制度，即便发生重大事故，致人重伤、死亡或者使公私财产遭受重大损失，也不构成犯罪。二看是否造成了严重后果。行为人虽然违反了规章制度，但未造成严重后果的，不构成犯罪。三看违章行为与严重后果之间是否有因果关系。即使在行为人的违章行为之后，发生了重大事故，但不是行为人的违章行为引起的，二者之间没有因果关系，不构成犯罪。四看行为人主观上有无过失。如果行为人主观上既无故意，又无过失，严重后果是由于不能预见或者不可抗拒的原因引起的，属于意外事件，不构成犯罪。
本罪与交通肇事罪的界限
两罪都是过失犯罪，行为人都实施了违反规章制度的行为，都造成了重大事故，并且都是属于交通方面的重大事故。但是，两者有着明显区别：
（1）犯罪主体不同。铁路运营安全事故罪的犯罪主体是特殊主体，仅限于铁路职工；交通肇事罪的犯罪主体是一般主体，包括交通运输人员和非交通运输人员。
（2）违反的规章制度不同。铁路运营安全事故罪违反的是铁路等部门制定的有关运输管理、维修管理、操作规程、安全管理等方面的规章制度；交通肇事罪违反的是同保证交通运输安全有直接关系的各种法律、法规与制度，其范围较广。
（3）犯罪客体稍有不同。铁路运营安全事故罪侵犯的客体是铁路运营的安全；交通肇事罪侵犯的客体主要是陆路和水路交通运输的安全。
本罪与重大责任事故罪的界限
两者都是过失犯罪，行为人都有违反规章制度的行为，并且都发生了重大事故，造成了严重后果。两者的区别主要有：
（1）犯罪主体不同。两者都是特殊主体，但铁路运营安全事故罪的犯罪主体只能是铁路职工；重大责任事故罪的主体仅限于工厂、矿山、林场、建筑企业或其他企业、事业单位的职工以及群众合作经营组织或个体经营户的从业人员。
（2）发生的场合不同。铁路运营安全事故罪发生在列车运营过程中；重大责任事故罪则发生在生产、作业过程中。
