本罪与玩忽职守罪的界限
本罪与玩忽职守罪在诸多方面均存在相似之处，表现在:其一，二者都侵害了国家机关正常的管理活动;其二，二者在客观方面都有可能表现为给黑社会性质组织制造生存发展机会，或者给黑社会性质组织进行违法犯罪活动提供可乘之机的行为;其三，二者的主体都是特殊主体，即都要求是国家机关工作人员。其主要区别在于:(1)犯罪客体不同。前者侵犯的是复杂客体，其中，主要客体是正常的社会秩序，次要客体是国家机关的正常管理活动;后者侵犯的则是单一客体，即仅是对国家机关正常管理活动的侵害。(2)客观方面要件不同。首先，前者之行为方式仅能表现为包庇黑社会性质的组织或者纵容黑社会性质组织进行违法犯罪活动的行为;后者则包括一切不履行或者不正确履行职务的玩忽职守行为。其次，前者系行为犯，只要有包庇、纵容行为，即可构成犯罪;后者系结果犯，在有玩忽职守的行为的同时，尚需发生造成公共财产、国家和人民利益重大损失的危害结果方可构成犯罪。(3)主观方面表现不同。前者是故意犯罪;后者是过失犯罪。
本罪与包庇罪的界限
两罪在客观方面存在相同之处，即都实施了 "包庇"行为。其主要区别如下:(1)犯罪客体不同。前者侵犯的主要是正常的社会秩序;后者侵犯的则是司法机关惩治犯罪的正常活动。(2)犯罪客观方面要件不同。前者表现为包庇黑社会性质的组织，或者纵容黑社会性质的组织进行违法犯罪活动的行为;后者则表现为作假证明包庇犯罪人的行为。二者虽都有"包庇"，但含义不尽相同。在方式上，前者之包庇要广于后者，即不只限作假证明一种，还包括其他一切妨害有关机关查办、惩处、打击黑社会性质的组织的行为;在包庇对象上，前罪之包庇又要窄于后者，即仅限于黑社会性质的组织，不及其他犯罪组织或犯罪人;此外，后者之包庇必须系事后之帮助行为，易言之，若行为人与其所包庇的对象事前有通谋的，则应直接按其所包庇的犯罪人的共犯论处，后者则无此限，亦即无论行为人事先是否与黑社会性质的组织存在共谋，都可构成犯罪，若系事先有通谋的，则按想象竞合犯处理。(3)犯罪主体不同。前者的主体是特殊主体，即只有国家机关工作人员才可构成;后者则是一般主体，任何具有刑事责任能力的自然人均可成为其主体。
