正当的宗教信仰与封建迷信的界限
宗教是社会意识形态的一种表现，而封建迷信是用以骗人的装神弄鬼、古卦算命、画符念咒等骗术。对于封建迷信不能视为宗教活动，应予以取缔。尤其是神汉、巫婆利用封建迷信造谣惑众，骗取钱财的，应依法予以惩处
正常的宗教活动与非正常的宗教活动的界限
非正常的宗教活动是指利用宗教活动干预国家行政、司法、教育的行为，是国家法律所不允许的。如果行为人干涉、禁止这样的所谓宗教活动则没有造成对法律保护的公民宗教信仰自由权利的侵犯，而且是维护国家法律的行为，因此不构成犯罪。
从本罪与一般违法行为的界限
根据本条规定，国家机关工作人员以暴力、胁迫或其他手段。非法剥夺公民宗教信仰自由，情节严重的，构成非法剥夺宗教信仰自由罪。这里，“情节严重”是行为人构成犯罪所必不可少的客观要件。所以，司法实践中，一定要注意分清是国家机关工作人由于工作方法简单粗暴或政策水平低所引起的一般侵犯他人宗教信仰自由权的行为，还是具有非法剥夺、干涉他人宗教信信仰自由的故意而实施的手段恶劣的或是危害结果严重的犯罪行为。这就需要严格依据法律的规定，来判断行为人的行为是否具有构成本罪的全部要件，如有任一要件不符合，则不能认定为此罪。对于一般工作上的问题，可通过总结经验、批评教育、向被害人赔礼道歉、赔偿损失等方式来解决；构成犯罪的，应该严肃执法，依法追究行为人的刑事责任。
本罪与非法拘禁罪的界限
（1）主体不同，非法剥夺公民宗教信仰自由罪要求行为人必须具备国家机关工作人员的身份，而非法拘禁罪的主体则为一般主体。所以，不具有国家机关工作人员身份的一定不能构成非法剥夺公民宗教信仰自由罪。
（2）犯罪的主观方面，非法剥夺公民宗教信仰自由罪行为人明知自己是在非法剥夺他人宗教信仰自由，却故意实施；非法拘禁的行为人则是明知剥夺他人人身自由是非法的行为而故意为之。两罪行为人主观上认识的内容不同，追求的结果也不同。
（3）犯罪的客观方面不同，非法剥夺公民宗教信仰自由罪的行为人除了对人身自由的直接限制、剥夺外，还表现为毁坏宗教设施、散播污辱性的言论等各种力式，非法拘禁罪表现为行为人拘留、禁闭或者其他强制方法，但都是直接作用于被害人的人身的方法。
