考勤卡能作为加班证据，考勤卡的证据效力大于加班制度的证据效力。劳动者主张加班费的，应当就加班事实的存在承担举证责任。但劳动者有证据证明用人单位掌握加班事实存在的证据，用人单位不提供的，由用人单位承担不利后果。
《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释(三)》第九条，劳动者主张加班费的，应当就加班事实的存在承担举证责任。但劳动者有证据证明用人单位掌握加班事实存在的证据，用人单位不提供的，由用人单位承担不利后果。
王某在一家公司工作，经常加班但公司未支付相应加班费。王某离职时拿着考勤卡作为证据申请仲裁，要求公司支付加班费。公司则称其加班制度规定加班需提前申请审批，王某未按此执行。仲裁委经审查后认为，王某的考勤卡能证明其加班事实，而公司不能提供反驳证据，最终裁决公司向王某支付加班费。
在这个案例中，王某通过考勤卡成功证明了自己的加班事实。尽管公司有加班制度，但在劳动者有证据证明用人单位掌握加班事实存在的证据而不提供时，用人单位就需承担不利后果。这也提醒用人单位，应依法依规处理员工加班事宜，同时劳动者也要注意保留好相关证据，以便在需要时维护自己的合法权益。
李某在某企业工作，以考勤卡为据主张加班费。企业虽认可考勤卡的真实性，但提出考勤卡上显示的加班时间中有部分是李某自愿留下处理个人事务的，并非工作需要。法院经审理后，根据双方提供的其他证据，对李某真正的加班时间进行了认定，并据此作出了相应判决。
此案例表明，考勤卡可以作为加班证据，但并非唯一证据。用人单位与劳动者对于加班事实的认定可能存在分歧，这就需要综合其他证据来判断。劳动者不能单纯依赖考勤卡，还需尽量收集其他能证明加班性质和时长的证据，而用人单位也应在管理中明确加班的审批流程和认定标准，避免纠纷的产生。
