起诉离婚两个孩子的抚养问题可以由双方协商解决，协商不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。
不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。
子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。
《民法典》第一千零八十四条，父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。
离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。
离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。
案例一：李先生和王女士因感情破裂起诉离婚，育有两个孩子，一个五岁，一个十岁。在法庭上，双方就孩子抚养权争执不下。法院经综合考量，鉴于大孩子已满八周岁且表达了愿意跟随父亲生活的意愿，而李先生的经济条件相对较好，最终判决五岁孩子归王女士抚养，十岁孩子归李先生抚养。
案例二：张先生和刘女士起诉离婚，有两个孩子分别为三岁和六岁。张先生存在一些不良生活习惯，而刘女士一直悉心照顾孩子。法院考虑到孩子的年龄和实际情况，判决两个孩子都由刘女士抚养，张先生需支付抚养费。
在处理离婚案件中两个孩子抚养权分配问题时，法院会严格遵循最有利于未成年子女的原则。不仅要考虑父母双方的具体情况，如经济状况、生活环境、教育能力等，还要充分尊重孩子的真实意愿，尤其是已满八周岁的孩子。同时，父母也应该从孩子的角度出发，妥善协商，避免对孩子造成过多的伤害和不良影响。无论抚养权归谁，父母对孩子的抚养、教育和保护义务都不会改变，双方都应努力为孩子的健康成长创造良好条件。
