非法行医罪的立案标准是这样的：行为人非法行医，造成就诊人轻度残疾、器官组织损伤导致一般功能障碍的；造成甲类传染病传播、流行或者有传播、流行危险的；使用假药、劣药或不符合国家规定标准的卫生材料、医疗器械，足以严重危害人体健康的；非法行医被卫生行政部门行政处罚两次以后，再次非法行医的，应予立案。
法律依据
《最高人民法院关于审理非法行医刑事案件具体应用法律若干问题的解释》第二条具有下列情形之一的，应认定为刑法第三百三十六条第一款规定的“情节严重”：
（一）造成就诊人轻度残疾、器官组织损伤导致一般功能障碍的；
（二）造成甲类传染病传播、流行或者有传播、流行危险的；
（三）使用假药、劣药或不符合国家规定标准的卫生材料、医疗器械，足以严重危害人体健康的；
（四）非法行医被卫生行政部门行政处罚两次以后，再次非法行医的；
（五）其他情节严重的情形。
