在建设工程施工合同中，工程预付款是指在工程开工前，发包方按当年预计完成工程量造价总额的一定比例预先支付承包方的工程材料款，其主要用于购买工程所需的材料和设备。从业主角度看，支付工程预付款存在着一定的风险;但从承包人角度看，如果发包方完全不支付该款而要在建设工程施工合同中，实际上也就是将风险转移给了承包方，这对承包方来讲，是不能轻易答应的。
工程预付款比例：发包人应按不低于工程价款的60%，不高于工程价款的90%向承包人支付工程进度款。按约定时间发包人应扣回的预付款，与工程进度款同期结算抵扣。
1.预付款的确立
预付备料款（国外通称为“开办费”）是我国工程建设中一项行之有效的制度，早在中国人民建设银行行使基本建设资金管理职能时，就对备料款的拨付作了专门规定，明确备料款作为一种制度必须执行，对全国各地区、各部门贯彻预付款制度的工作在原则和程序上曾起过重要的指导作用。各地区、各部门结合地区和部门的实际情况，制定了相应的实施办法，对不同承包方式、年度内开竣工和跨年度工程等作了具体的规定。例如：上海市规定：凡是实行包工包料的工程项目，备料款由发包人通过经办银行办理，且应在双方签订工程施工合同的一个月内付清;包工不包料的工程，原则上不应得到备料款。施工单位对当年开工、当年竣工的工程，按施工图预算和合同造价规定备料款额度预收备料款;跨年度工程，按当年建安投资额和规定的备料款额度预收备料款，下年初应按下年的建安投资额调整上年已预收的备料款。凡合同规定工程所需“三材”（钢材、木材、水泥），全部由发包人负责供应实物，并根据工程进度或合同规定按期交料的，所交拨材料可按材料预算价格作价并视作预收备料款;对虽在施工合同中规定工程所需“三材”全部由发包人负责供应实物，而未能遵照合同规定按期、按品种、按数量交料的，承包人可按规定补足收取备料款;部分“三材”由发包人采购供应实物的，相应扣减备料款额度，或将这部分材料抵作部分备料款。在对备料款的具体操作作了规定后，同时又规定了违规操作的处理办法：凡是没有签订施工合同或协议和不具备施工条件的工程、发包人不得拨给承包人备料款，更不准以付备料款为名转移资金;承包人收取备料款两个月仍不开工，或发包人不按合同规定付给备料款的，经办银行可根据双方工程承包合同的约定分别从有关账户收回和付出备料款。
建设部为适应社会主义市场经济的发展，在《建设工程施工发包与承包计价管理办法》第14条明确规定：预付工程款的具体事宜由发承包双方根据建设行政主管部门的规定，结合工程款、建设工期和包工包料情况在合同中约定。《建设工程施工合同（示范文本）》中，有关工程预付款作了如下约定：“实行工程预付款的，双方应当在专用条款内约定发包人向承包人预付工程款的时间和数额，开工后按约定的时间和比例逐次扣回。预付时间应不迟于约定的开工日期前7D。发包人不按约定预付，承包人在约定预付时间7D后向发包人发出要求预付的通知，发包人收到通知后仍不能按要求预付，承包人可在发出通知后7D停止施工，发包人应从约定应付之日起向承包人支付应付款的贷款利息，并承担违约责任。”
工程预付款在国际工程承发包活动中亦是一种通行的做法。国际上的工程预付款不仅有材料设备预付款，还有为施工准备和进驻场地的动员预付款。根据FIDIC施工合同条件规定，预付款一般为合同总价的10%~15%。世界银行贷款的工程项目，预付款较高，但也不会超过20%。近几年来，国际上减少工程预付款额度的做法有扩展的趋势，一些国家都在压低预付款的数额，如科威特政府将承包工程预付款的百分比从原来的10%削减到5%，但是无论如何，工程预付款仍是支付工程价款的前提，未支付预付款由承包人自己带资、垫资进行施工的情况尚未有所闻。因为此种做法对承包人来说是十分危险的，通常的做法是：预付款支付在合同签署后，由承包人从自己的开户银行中出具与预付款额相等的保函，并提交给发包人，以后就可从发包人开户银行里领取该项预付款。
2.预付款额度
预付款额度主要是保证施工所需材料和构件的正常储备。数额太少，备料不足，可能造成生产停工待料;数额太多，影响投资有效使用。一般是根据施工工期、建安工作量、主要材料和构件费用占建安工作量的比例以及材料储备周期等因素经测算来确定。下面简要介绍几种确定额度的方法。
（1）百分比法。百分比法是按年度工作量的一定比例确定预付备料款额度的一种方法。各地区和各部门根据各自的条件从实际出发分别制定了地方、部门的预付备料款比例。例如：建筑工程一般不得超过当年建筑（包括水、电、暖、卫等）工程工作量的25%，大量采用预制构件以及工期在6个月以内的工程，可以适当增加;安装工程一般不得超过当年安装工作量的10%，安装材料用量较大的工程，可以适当增加;小型工程（一般指30万元以下）可以不预付备料款，直接分阶段拨付工程进度款等等。
（2）数学计算法。数学计算法是根据主要材料（含结构件等）占年度承包工程总价的比重，材料储备定额天数和年度施工天数等因素，通过数学公式计算预付备料款额度的一种方法。其计算公式是：
公式中：年度施工天数按365天日历天计算;材料储备定额天数由当地材料供应的在途天数、加工天数、整理天数、供应间隔天数、保险天数等因素决定。
（3）协商议定。在较多情况下是通过承发包双方自愿协商一致来确定的。在商洽时，施工单位作为承包人，应争取获得较多的备料款，从而保证施工有一个良好的开端得以正常进行。但是，因为备料款实际上是发包人向承包人提供的一笔无息贷款，可使承包人减少自己垫付的周转资金，从而影响到作为投资人的建设单位的资金运用，如不能有效控制，则会加大筹资成本，因此，发包人和承包人必然要根据工程的特点、工期长短、市场行情、供求规律等因素，最终经协商确定备料款，从而保证各自目标的实现，达到共同完成建设任务的目的。由协商议定工程备料款，符合建设工程规律、市场规律和价值规律，必将被建设工程承发包活动越来越多地加以采用。
3.预付款的回扣
发包人支付给承包人的工程备料款的性质是“预支”。随着工程进度的推进，拨付的工程进度款数额不断增加，工程所需主要材料，构件的用量逐渐减少，原已支付的预付款应以抵扣的方式予以陆续扣回。扣款的方法，是从未施工工程尚需的主要材料及构件的价值相当于预付备料款数额时扣起，从每次中间结算工程价款中，按材料及构件比重扣低工程价款，至竣工之前全部扣清。因此确定起扣点是工程预付款起扣的关键。
确定工程预付款起扣点的依据是：未完施工工程所需主要材料和构件的费用，等于工程预付款的数额。
工程预付款起扣点可按下式计算：
T=P-M/N （32-20）
式中 T——起扣点，即预付备料款开始扣回的累计完成工作量金额;
M——预付备料款数额;
N——主要材料，构件所占比重;
P——承包工程价款总额（或建安工作量价值）。
例如：某项工程合同价100万，预付备料款数额为24万，主要材料、构件所占比重60%，问：起扣点为多少万元?
按起扣点计算公式：T=P-M/N=100-24/60%=60万元
则 当工程量完成60万元时，本项工程预付款开始起扣。
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