在工程结算时，双方需要明确，工程结算的金额中，是否包括增值税。如果包括增值税，即所谓的含税价列示，结算时，双方就不需要再考虑增值税的问题。
一般来说，实际操作中支付的所有工程款是含税价格的。因为营改增以后，原来的营业税改为增值税。增值税是价外税，即价格中是不包括增值税的，应当由购买方支付增值税，所以，销售方向购买方收取款项时，既要收取金额，又要收取相应的增值税额，即按照价税合计收取款项。
工程结算相当于收人类科目，这是单位收到的工程款，也就是说建设单位付给施工单位的劳动报酬，至于单位应交的增值税或营业税是依照工程结算额为纳税的基数，再乘以税率就是应缴纳的增值税，因此说小规模纳税人的工程结算里面不包含增值税。
工程款属于纳税的范围，因此工程款也是需要纳税的建筑工程款税分为营业税、城建税、教育费附加、印花税这些，分别的税率如下：
1、营业税：按工程结算款计算缴纳营业税，营业税税率3％。
2、城建税：按营业税计算缴纳城建税，城建税税率：纳税人所在地在市区的，税率为7％；纳税人所在地在县城、镇的，税率为5％；纳税人所在地不在市区、县城、镇的，税率为1％。
3、教育费附加：按营业税计算缴纳，税率3％。
4、印花税：按建筑安装工程承包合同金额的0.3‰计算缴纳。
工程款讨要法院起诉流程：
1、当事人起诉，首先应提交起诉书，并按对方当事人人数提交相应份数的副本。
2、根据＂谁主张谁举证＂原则，原告向法院起诉应提交相关材料。
3、当事人向法院提交书证，应填写一式两份证据清单，详细列明提交证据的名称、页数。证据经法院承办人核对后，由承办人在证据清单上签字盖章，一份交当事人，一份备案。
4、立案庭在当事人履行必须的手续和交齐有关证据材料之后，在七天内，对符合立案条件的，办理立案手续；对不符合立案条件的，依法裁定不予受理。
5、当事人应在收到受理通知书之日起七天内预交案件受理费和其他诉讼费用，如确有困难，可在预交期内向本院提出减、缓、免交的书面申请，逾期不交或者书面申请交未获批准而仍不预交的，本院将裁定按自动撤诉处理。
6、立案手续后，案件由法院排期开庭，当事人应服从法院的各项工作安排，并于结案后到财务室结算诉讼费用，多退少补。
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