在进行清包的时候，为了更好的保证工程质量是可以扣质量保证金的，双方约定好即可。
工程质量保证金（保修金）是指发包人与承包人在建设工程承包合同中约定，从应付的工程款中预留，用以保证承包人在缺陷责任期内对建设工程出现的缺陷进行维修的资金。
2017年7月1日新执行的《建设工程质量保证金管理办法》：第七条发包人应按照合同约定方式预留保证金，保证金总预留比例不得高于工程价款结算总额的3％。合同约定由承包人以银行保函替代预留保证金的，保函金额不得高于工程价款结算总额的3％。
项目工程质保金是指为落实项目工程在缺陷责任期内的维修责任，建设单位（业主）与施工企业在项目工程建设承包合同中约定，从应付的工程款中预留，用以保证施工企业在缺陷责任期内对已通过竣（交）工验收的项目工程出现的缺陷（即项目工程建设质量不符合工程建设强制性标准、设计文件，以及承包合同的约定）进行维修的资金。项目工程质保金按项目工程价款结算总额乘以合同约定的比例（一般为5％）由建设单位（业主）从施工企业工程计量拨款中直接扣留，且一般不计算利息。施工企业应在项目工程竣（交）工验收合格后的缺陷责任期（一般为十二个月）内，认真履行合同约定的责任，缺陷责任期满后，及时向建设单位（业主）申请返还工程质保金。建设单位（业主）应及时向施工企业退还工程质保金（若缺陷责任期内出现缺陷，则扣除相应的缺陷维修费用）。
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