第一种方式：由医患双方自行协商达成协议，没有特定的第三人参加。这种协商简单明了，但容易造成矛盾激化，往往达成协议后双方再起争端。
第二种方式：卫生行政部门主持达成调解协议。这种办法由当事人一方或者双方向卫生行政机关提出申请，在行政机关的主持下，双方达成协议。从目前情况看，这种办法能及时平息事态，稳定双方的情绪。
第三种方式：当争议进入诉讼程序后，可由人民法院主持双方调解达成协议。
该协议一经送达立即生效，具有强制执行力，并不得上诉。它的好处是法律效力高，规范性强。但医患双方要经历较长的时间。
《医疗事故处理条例》第四十六条，发生医疗事故的赔偿等民事责任争议，医患双方可以协商解决；
不愿意协商或者协商不成的，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，也可以直接向人民法院提起民事诉讼。
王某在医院进行手术后出现了严重的并发症，与医院就赔偿问题产生纠纷。双方最初自行协商，虽达成协议但随后又起争执。之后在卫生行政部门的主持下再次协商，最终达成了较为合理的调解协议。
李某因医疗事故与医院产生矛盾，双方在诉讼过程中，经人民法院主持调解，达成了协议，该协议具有强制执行力，双方的纠纷得以妥善解决。
在医疗纠纷中，协商解决是较为常见的途径。自行协商可能简便但易引发后续争端，此时卫生行政部门的介入能起到一定稳定作用。而诉讼程序中的调解，虽法律效力高、规范性强，但耗时较长。无论选择哪种方式，医患双方都应在法律的框架内，理性对待，以维护自身的合法权益。同时，医院方也应不断提升医疗质量和服务水平，从源头上减少医疗纠纷的发生。
