合伙办学款被盗剩余款项被侵占应及时向公安机关报案处理。盗窃侵占合伙办学款涉嫌盗窃罪或职务侵占罪，可能判处有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金，给合伙企业造成损失的，还应承担赔偿责任。
《中华人民共和国刑法》第二百六十四条，盗窃公私财物，数额较大的，或者多次盗窃、入户盗窃、携带凶器盗窃、扒窃的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金；数额巨大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金或者没收财产。
甲与乙合伙办学，在办学过程中，一笔办学款被盗，而剩余的款项则被乙侵占。甲发现后，立即向公安机关报案，公安机关迅速展开调查。最终乙被依法追究刑事责任，同时也被判令对合伙企业的损失进行赔偿。
在这种情况下，甲的及时报案行为是非常正确的。当遇到合伙财产被侵害时，一定要第一时间通过法律途径来解决，维护自身及合伙企业的合法权益。法律会对违法犯罪行为进行制裁，让侵权者承担应有的法律后果，同时保障受害者的权益得到妥善的维护。
