1.协商方式发生工程款拖欠后，承包单位应主动与建设单位沟通，了解拖欠原因，制定相应的对策。然后，由主管领导、承包当事人及财务、计划人员组成谈判小组，与建设单位在平等自愿的基础上协商，，确定还款方案或签订还款合同。
2.调解方式工程款拖欠后，承包单位除协商外，还可以请求有关部门，尤其是请政府主管部门调解。因施工中产生种种纠纷而造成的工程款拖欠，更应请政府主管部门、承担担保单位及劳动仲裁机构等进行调解、仲裁。
3.法律方式法律方式主要有两种：一是仲裁，即就工程款拖欠具体事项到仲裁机关，请求仲裁。二是诉讼，即向法律提起民事诉讼，要求返还工程款。
4.经济方式对于一些拖欠较久、清欠较难的款项，可以采取相应的经济方式清欠工程款。
拖欠工程款的诉讼时效为三年，从知道或应当知道拖欠行为起算。我国法律规定诉讼时效可以通过一定的主张权利行为得以中断，中断后诉讼时效可以重新计算。
法律依据：《中华人民共和国民法典》第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护;有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
三、 拖欠工程款违约纠纷起诉流程是怎样的
拖欠工程款违约纠纷起诉流程是：
1.准确选择被告，在提起诉讼之时只要选择发包人、承担连带责任保证担保方式的任何当事人。包括一人或几人作为被告；
2.提交起诉书，并按对方当事人人数提交相应份数的副本；
3.根据谁主张谁举证原则，原告向法院起诉提交相应的材料；
4.立案庭在当事人履行必须的手续和交齐有关证据材料之后，在七天内，对符合立案条件的，办理立案手续；
5.当事人在收到受理通知书之日起七天内预交案件受理费。
《中华人民共和国民事诉讼法》第一百四十九条
人民法院适用普通程序审理的案件，应当在立案之日起六个月内审结。有特殊情况需要延长的，由本院院长批准，可以延长六个月，还需要延长的，报请上级人民法院批准。
