1、两者发生的基础不同。国家赔偿由国家机关及其工作人员的违法行为引起，以违法为前提;国家补偿由国家的合法行为引起，不以违法为前提。
2、两者性质不同。国家补偿的根本属性在于国家对特定受害的公民法人或者其他组织损失的填补，旨在求得因公共利益而遭受特别损失的公民、法人或者其他组织提供补救，以体现其与普通公众间的利益平衡，并不意味着任何对国家的非难。这可以说是两者最主要的区别。
3、时间要求不同。国家赔偿责任的前提条件是损害的实际发生，即先有损害，后有赔偿;而国家补偿即可以在损害发生之前进行，也可以在损害发生之后进行。
4、两者承担责任的方式不同。国家赔偿责任以金钱赔偿为原则，以恢复原状，返还财产等方式为辅;国家补偿责任多为支付一定数额的金钱。
5、工作人员的责任不同。国家赔偿制度中有追偿制度。在国家赔偿了受害人的损失以后要向有故意或重大过失的作出违法行为的国家机关工作人员追偿，但是国家补偿制度中没有追偿制度。
行政赔偿是指行政主体违法实施行政行为，侵犯相对人合法权益造成损害时由国家承担的一种赔偿责任。
只有行政主体才享有行政权，才能实施行政行为，才能构成行政赔偿。当然行政主体是由行政人员组成，行政行为是经行政人员作出。因此，行政主体往往具体化为有关的行政人员。没有行政主体，就不能构成行政赔偿。司法机关作为司法权主体，行政机关作为机关法人、行政人员作为公民等而引起的赔偿，都不是行政赔偿。
只有违法行政行为才能构成行政赔偿，合法行政行为不能构成行政赔偿。行政赔偿仅以客观上行政行为违法为要件，而不以行政主体主观上是否有过错为要件。
行政赔偿诉讼，是指公民、法人或者其他组织认为其合法权益受到行政机关及其工作人员违法行使职权的侵害，依法向人民法院提起诉讼，人民法院根据赔偿请求人的诉讼请求，适用《行政诉讼法》的一般规定以及《国家赔偿法》的特别规定及有关司法解释，裁判赔偿争议的活动。
我国《行政诉讼法》第六十七条规定：赔偿诉讼可以适用调解。
行政赔偿诉讼适用调解，就是人民法院可以在双方当事人之间作协商、调和工作，促使双方相互谅解，以达成赔偿协议。受害人和赔偿义务机关达成协议，应当制作行政赔偿调解书。行政赔偿调解书应当写明赔偿请求、案件事实和调解结果，应由审判人员、书记员署名，加盖人民法院印章，送达双方当事人，调解书以双方当事人签收后，即具有法律效力。
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