分公司不注销对总公司是有影响的。
总公司对分公司有连带责任，不管债权债务，还是工商税务。分公司不去注销税务，不能如期申报，分公司就会上税务的黑名单，分公司对税务的罚款、处罚不处理，就会连带总公司上黑名单，导致总公司开票、报税都会出现问题。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。
《公司法》第十四条，公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。
公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。
甲公司设立了分公司乙，后乙公司因经营不善停止运营，但一直未办理注销手续。一段时间后，甲公司发现其在税务申报等方面出现诸多问题，经查询得知是因为乙公司未注销税务且存在违规行为，导致甲公司也受到牵连被列入黑名单，给甲公司的正常经营带来了严重影响。
从这个案例可以明显看出，分公司不注销的危害。总公司对于分公司有着法定的责任和义务，不能忽视分公司的后续处理。在现实中，企业应重视分公司的规范管理和妥善处置，避免因分公司的遗留问题而给总公司造成不必要的损失和麻烦。当分公司需要终止运营时，务必按照规定及时办理注销手续，以确保总公司的合法权益和正常经营秩序不受影响。
丙公司旗下有一分公司丁，丁公司停业后未注销，其税务问题也未处理。后来丙公司在进行一些重要业务合作时，对方在审查中发现丙公司因丁公司的原因处于税务黑名单中，对丙公司的信誉产生怀疑，导致合作未能达成，使丙公司错失了重要的发展机会。
这一案例突显了分公司不注销带来的潜在风险可能延伸到总公司的业务层面。企业的信誉在商业活动中至关重要，而分公司的不良记录可能会波及总公司的声誉和商业机会。所以，总公司一定要有风险意识，积极主动地处理好分公司的注销事宜，不能抱有侥幸心理。同时，在设立分公司之初，也要对其未来的发展和可能的退出做好规划和预案，防患于未然。
