建设工程内部承包合同与建设工程施工有关，涉及正在施工的不动产，在此过程中产生的纠纷，应由不动产所在地人民法院管辖，属于专属管辖。专属管辖是地域管辖的一种。法律规定某些案件必须由特定的法院管理，当事人不能以协议的方式加以变更。
《中华人民共和国民事诉讼法》第三十三条，下列案件，由本条规定的人民法院专属管辖：
(一)因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖;
(二)因港口作业中发生纠纷提起的诉讼，由港口所在地人民法院管辖;
(三)因继承遗产纠纷提起的诉讼，由被继承人死亡时住所地或者主要遗产所在地人民法院管辖。
A 建筑公司与项目经理李某签订内部承包协议，后因工程款结算问题产生纠纷。李某向其所在地法院提起诉讼，A 建筑公司提出管辖权异议，认为应适用专属管辖由工程所在地法院管辖。最终法院支持了 A 建筑公司的异议。
B 施工队与发包方签订内部承包合同，在施工过程中双方对工程质量产生争议，B 施工队向合同约定的法院起诉，发包方则主张应适用专属管辖。法院经审查后认定该纠纷属于专属管辖范畴，裁定将案件移送至工程所在地法院。
从上述案例可以看出，对于建筑工程内部承包协议纠纷的管辖问题，不能一概而论，而应严格依据法律规定来确定。专属管辖的规定具有强制性，当事人必须遵守，不能通过协议随意变更。在实践中，当事人应准确理解和把握专属管辖的适用情形，避免因管辖问题导致诉讼程序的延误和成本的增加。同时，法院在审查管辖权时，也应严格依据法律规定进行认定，确保案件得到正确、及时的处理。
