如果发生了医疗事故不承认后也是可以向当地的卫生行政部门提出异议申请的。相关部门在受理了相关的申请后应该在规定的期限内做出决定，在医疗事故双方对赔偿的具体金额以及赔偿的项目协商无法一致后，当事人可以向当地的法院提出诉讼申请。
《医疗事故处理条例》第四十七条，双方当事人协商解决医疗事故的赔偿等民事责任争议的，应当制作协议书。协议书应当载明双方当事人的基本情况和医疗事故的原因、双方当事人共同认定的医疗事故等级以及协商确定的赔偿数额等，并由双方当事人在协议书上签名。
案例一：患者王某在某医院接受手术后出现严重并发症，医院却否认存在医疗事故。王某向卫生行政部门提出异议申请，经过调查和鉴定，最终确定医院存在过错。
案例二：李某在就医过程中遭遇医疗事故，医院拒不承认。李某直接向法院提起诉讼，通过专业的医疗鉴定和法律程序，获得了应有的赔偿。
在遇到医院不承认医疗事故的情况时，患者不要慌张，应及时按照法律规定的程序进行维权。向卫生行政部门提出申请是重要的一步，相关部门会依法进行处理和判定。若协商不成，果断向法院起诉是明智之举，法律会给予公正的裁决。患者要注意保留好相关证据，如病历、检查报告等，这对于维权成功至关重要。同时，医院作为专业的医疗机构，应当勇于承担责任，积极配合调查和处理，共同营造良好的医疗环境和医患关系。
