同居期间抚养权纠纷的办法是双方协商，协商不成的可以起诉。同居关系有子女的一般为非婚生子女，非婚生子女与婚生子女享有同样的权利与义务。因此如果同居时有子女抚养权纠纷的，和婚生子女一样通过父母双方协商，如果协商不成的可以提起诉讼。
孩子的抚养权能变更。
1.与子女共同生活的一方因患严重疾病或因伤残无力继续抚养子女的；
2.与子女共同生活的一方不尽抚养义务或有虐待子女行为，或其与子女共同生活对子女身心健康确有不利影响的；
3.八周岁以上未成年子女，愿随另一方生活，该方又有抚养能力的；
4.有其他正当理由需要变更的。
三、起诉孩子抚养权的程序是什么
起诉孩子抚养权的程序是如下：
1.撰写民事起诉状，收集相关证据材料；
2.携带上述材料到被告住所地人民法院提起诉讼；
3.法院受理后对于符合起诉条件的，会依法立案。
《民事诉讼法》第二十一条的规定，对公民提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖；被告住所地与经常居住地不一致的，由经常居住地人民法院管辖。
第一百二十条规定，起诉应当向人民法院递交起诉状，并按照被告人数提出副本。
书写起诉状确有困难的，可以口头起诉，由人民法院记入笔录，并告知对方当事人。
