重大飞行事故罪处罚有以下两种情况：
1、造成严重后果的，处三年以下有期徒刑或者拘役；
2、造成飞机坠毁或者人员死亡的，处三年以上七年以下有期徒刑。
《刑法》第一百三十一条，航空人员违反规章制度，致使发生重大飞行事故，造成严重后果的，处三年以下有期徒刑或者拘役；造成飞机坠毁或者人员死亡的，处三年以上七年以下有期徒刑。
甲作为某航班的机长，在飞行过程中违反操作规定，导致飞机偏离航线，最终虽然成功降落但造成了严重的恐慌和一定的财产损失。经法院审理，甲被认定构成重大飞行事故罪，被判处二年有期徒刑。
乙在担任飞行驾驶员时，因疏忽未对飞机进行全面检查，飞行中出现故障导致飞机坠毁，机上人员全部遇难。乙最终因重大飞行事故罪被判处五年有期徒刑。
在第一个案例中，机长甲违反规章制度的行为虽然未造成飞机坠毁或人员死亡的严重后果，但因其行为导致了严重后果的发生，符合重大飞行事故罪的构成要件，依法应受到刑事处罚。而在第二个案例中，驾驶员乙的疏忽直接导致了飞机坠毁和人员死亡，其犯罪情节更为严重，因此被判处相对较重的刑期。这两个案例都明确显示了，航空人员必须严格遵守规章制度，否则将面临法律的制裁。任何对飞行安全的疏忽和违规行为，都可能带来极其严重的后果，不仅危及乘客和机组人员的生命安全，也会对社会公共安全造成重大威胁。
