农村土地确权纠纷该由人民政府协调解决;单位之间的争议，由县级以上人民政府处理;个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级政府处理。
根据《土地管理法》第十六条，非常明确，土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决;协商不成的，由人民政府处理。
《农村土地承包经营纠纷调解仲裁法》第七条，村民委员会、乡(镇)人民政府应当加强农村土地承包经营纠纷的调解工作，帮助当事人达成协议解决纠纷。因此，发生土地纠纷，首先想到的是基层组织，也应该充分相信基层组织。因为农村土地方面的纠纷，都是村委会发包，交换变更也应通过村委会，他们对实际情况了解最清楚，对纠纷对错最有话语权，相信他们能够依法依规调解解决。
1.从实际出发，尊重历史的原则。土地权属争议产生的原因很多，但多数是因历史遗留下来的问题所引起的，这种情况在集体组织之间的土地权属关系中十分常见。
2.现有利益保护的原则。
3.诉讼解决以行政处理为前置的原则。政府处理在土地权属纠纷解决方式中占有很重要的地位。
三、 土地确权的方法是什么
土地确权的进行需要向村委会递交书面申请、填写申请表；村委会签署意见签字盖章交由乡镇政府审核；乡镇政府根据上报资料现场勘测，审查合格上报县国土资源局；县国土资源局接件后进行资料审核，到现场进行勘测；审核合格报县政府进行审批，公示无异议确权发证。
《土地管理法实施条例》第三条国家依法实行土地登记发证制度。依法登记的土地所有权和土地使用权受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。土地登记内容和土地权属证书式样由国务院土地行政主管部门统一规定。土地登记资料可以公开查询。
