适用本罪时应注意区分本罪与聚众扰乱社会秩序罪的区别。这两种犯罪主观方面都是故意，动机都是给国家机关施加压力，以实现个人不合理要求:在客观方面都是聚众进行，包括有时使用暴力手段进行扰乱。两者的主要区别，是发生地点与侵犯对象范围不同。前者发生在公共场所或交通要道，侵犯的是公共场所秩序、交通秩序;而后者发生在机关、企业、医疗、科研单位或学校，侵犯的是机关、单位的秩序。
区分罪与非罪
区分罪与非罪的界限，要注意：构成本罪，要求聚众扰乱公共场所秩序、交通秩序，抗拒、阻碍国家治安管理人员依法执行职务，情节严重三个条件同时具备，且行为人必须是首要分子。缺少其中的一项，情节较轻，或者属于一般参与者，则属于一般违反治安管理行为，不构成本罪。如某地村民因该村对京福高速公路征地补偿分配和耕地调整的方案未能实施产生不满情绪，企图以扩大事态的方式使问题以解决。2001年3月7日，该村村民张氏兄弟故意煽动指挥村民拦堵大桥、国道，致使几百名村民聚集到涌溪大桥、国道205线上设置障碍堵塞交通，造成涌溪大桥、国道205线交通中断达两个多小时，被堵车辆1100余辆及发生攻击维持秩序的公安民警，致多名民警受伤的结果，严重破坏了正常的交通秩序。本案中张氏兄弟作为事件的首要分子，纠集村民扰乱交通秩序，抗拒、阻碍国家治安管理人员依法执行职务，情节严重，已构成聚众扰乱交通秩序罪，后被法院分别判处有期徒刑3年。
