一、由于特殊原因，有管辖权的法院不能行使管辖权。
在这方面，对管辖权的归属没有任何疑问和争议，但这种明确的管辖权不能行使，原因如下：
事实原因：由于自然灾害、战争、事故等不可抗拒的客观事实，法院实际上不能行使其职能；
法律原因：某些事实的存在符合法律规定，这使得主管法院在法律上无法审理或继续审理案件。如果当事人申请撤诉，或者法院制定规则，法院工作人员是案件的当事人，法院不适合审判等等。
二、法院间管辖权争端
如果下级法院对特定行政案件的管辖权存在争议，则应相互协商。如果谈判失败，他们可以向共同的上级法院报告，上级法院应以指定的形式解决冲突或争议。从实际的角度来看，主要存在这样的情况：
第一，积极的冲突，即两个或两个以上的法院认为他们对案件具有管辖权;
第二，它们是负面冲突，即两个或两个以上的法院认为他们对案件没有管辖权，它应被其他法院接受。
法律规定，当法院之间发生管辖权冲突或争议时，争议法院的处理程序是先相互协商，协商不成的，由争议法院向共同的上级法院报告，由争议法院分别报告。报告应当使用本报告的文字，并说明理由。两个跨省、跨地区的法院之间发生纠纷，不能协商解决的，报所在地的省高级人民法院，由高级人民法院报请最高人民法院指定。高等法院收到报告后，应当及时审查决定指定管辖，并以正式函件的形式发出。
指定的管辖权由特定的行为来定义。因此，这一名称具有以下特点：
1.指定的对象必须是具体的，即具体和明确地由哪个法院管辖行政案件，在没有重新谈判等间接程序的情况下，不得模棱两可或分类。
2.指定行为的内容是具体的行政案件。通常是下级法院报告的案件。在实践中，有时候有一个案例，即上级法院规定某一类案件由下级法院审判，甚至该案文也称为“指定”。例如，1985年3月27日，最高人民法院规定重庆市中级人民法院处理了一些专利纠纷。但是这不属于“中华人民共和国行政诉讼法”第二十二条规定的指定管辖范围。
三、指定行为在法律上具有明确和不可移动的效力。
也就是说，无论上级法院是否同意下级法院的肯定或否定请求，一旦指定，管辖法院即被确定，指定法院无权指定或转移案件。
刑事案件管辖法律规定主要包含三种情形：
（一）公安机关立案侦查的案件； 《刑事诉讼法》第18条第1款规定：刑事案件的侦查均由公安机关进行，法律另有规定的除外。
（二）人民检察院直接受理的案件；
（三）人民法院直接受理的刑事案件。
《刑事诉讼法》第18条第3款规定：自诉案件，由人民法院直接受理。
根据我国《民事诉讼法》的相关规定，指定管辖的案子不需要重新立案，而是重新计算审理期限。刑事诉讼法实践中对于管辖有异议后指定管辖的案件，一般有两种处理方法：一是在对该案件侦查终结后，将案件移交犯罪地或犯罪嫌疑人居住地的公安机关，由该公安机关移送相应的检察机关提起公诉;二是被指定立案侦查的公安机关报请其上一级公安机关与该市中级法院协商后，中级法院指定该市某基层法院管辖，并通知与中级法院对应的市检察院，市检察院再通知相应的基层检察院。
1、由上级人民法院以指定的方式确定管辖不明的案件的管辖权管辖不明的情况，诸如刑事案件发生在两个人民法院管辖范围的交界处，而两个人民法院管辖的范围的行政区划没有确切的界限，犯罪地不能确定，这样形成互争管辖或互相推诿现象。在这种情况下，应当由争议各方在审限内协商解决；协调不成的，由争议的人民法院分别逐级报请共同的上级人民法院指定管辖。
2、由上级人民法院以指定的方式改变管辖权实践中有时会出现有管辖权的人民法院不宜行使审判权的情况，包括本院院长需要回避的案件，因案件在该人民法院审判受到严重干扰而不能很好地行使审判权等情形。在这种情况下，应当由上级人民法院指定管辖。最高人民法院《解释》第19条规定：上级人民法院指定管辖的，应当将指定管辖决定书分别送达被指定的人民法院和其他有关的人民法院。原受理案件的人民法院，在收到上级人民法院指定其他人民法院管辖决定书后，不再行使管辖权。对于公诉案件，应当书面通知提起公诉的人民检察院，并将全部案卷材料退回，同时书面通知当事人；对于自诉案件，应当将全部案卷材料移送被指定管辖的人民法院，并书面通知当事人。行政法上的指定管辖是指上级行政机关以决定的方式指定下一级行政机关对某一行政处罚行使管辖权。指定管辖实际上也是赋予行政机关在处罚管辖上一定的自由裁量权，以适应各种错综复杂的处罚情况。
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