一、法律形式不同
在法律形式上，一人有限责任公司属于法定的民事主体，具有法人资格，能够以自己的名义享有民事权利和承担民事义务。而个人独资企业属于非法人组织，虽然也可以以自己的名义进行民事活动，但在法律形式上不具有法人的资格。
二、设立主体不同
根据公司法第五十八条第二款的规定，“本法所称一人有限责任公司，是指只有一个自然人股东或者一个法人股东的有限责任公司”。而
根据个人独资企业法第二条的规定，“本法所称个人独资企业，是指依照本法在中国境内设立，由一个自然人投资，财产为投资人个人所有，投资人以其个人财产对企业债务承担无限责任的经营实体”。
由此可见，一人有限责任公司的“一人”与个人独资企业的“个人”的涵义并不相同，一人有限责任公司的设立主体-----“一人”，既可以是自然人，也可以是法人，而个人独资企业的设立主体----“个人”，只能是自然人，因此，一人有限责任公司的设立主体的范围比个人独资企业更为广泛。
三、设立条件不同
在设立条件上，两者的差异主要体现在关于法定注册资本最低限额的规定上。一人有限责任公司既适用公司法中关于公司设立的一般性规定，同时还必须符合公司法关于一人有限责任公司的特别规定。根据公司法第五十九条的规定，“一人有限责任公司的注册资本最低限额为人民币10万元，股东应当一次足额缴纳公司章程规定的出资额”。相比而言，个人独资企业的设立条件要相对宽松，根据个人独资企业法第八条的规定，个人独资企业的设立并没有法定注册资本最低限额的限制，只需“有投资人申报的出资”即可。
另外，根据公司法第二十七条的规定，一人有限责任公司的货币出资金额不得低于有限责任公司注册资本的30%，也就是说，股东用实物、知识产权和土地使用权等非货币财产作价出资金额不得高于注册资本的70%。而个人独资企业对出资类型，即货币资金或非货币资金占投资人申报出资的比例，并没有作出任何强制性规定。
四、债务承担责任不同
从某种意义上讲，债务承担责任的不同，是区分一人有限责任公司和个人独资企业的关键性差异。根据公司法第三条的规定，“公司以其全部财产对公司的债务承担责任”，其中，“有限责任公司的股东以其认缴的出资额为限对公司承担责任”。即一人有限公司在债务上是以股东认缴的出资额为限承担“有限责任”，超过了认缴出资额的限度，股东个人并不必对公司债务承担连带责任，这样可以使唯一投资者最大限度地利用有限责任原则规避经营风险，实现经济效率最大化。
而个人独资企业法第二条、第十八条、第三十一条都明确规定，“投资人以其个人财产对企业债务承担无限责任”，“个人独资企业投资人在申请企业设立登记时明确以其家庭共有财产作为个人出资的，应当依法以家庭共有财产对企业债务承担无限责任”，“个人独资企业财产不足以清偿债务的，投资人应以其个人的其他财产予以清偿”。可见，对于个人独资企业的债务，我国采取的是无限责任原则，企业投资人对企业债务必须承担无限责任，因此，个人投资企业的经营风险要高于一人有限责任公司。
当然，由于一人有限责任公司的唯一股东可以实际上控制公司，有可能混淆公司财产与股东财产，将公司财产充作私用，通过滥用有限责任原则而欺骗债权人或回避契约义务。为此， 我国公司法根据诚实信用原则和公平原则，引入了公司资格否认制度，承认股东有限责任原则的例外。对此，公司法第二十条第三款规定：“公司股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害公司债权人利益的，应当对公司债务承担连带责任。”与此相呼应的，结合一人有限责任公司的特点，公司法于第六十四条规定：“一人有限责任公司的股东不能证明公司财产独立于股东自己的财产的，应当对公司债务承担连带责任。”
五、财务核算要求不同
公司法第六十三条规定：“一人有限责任公司应当在每一会计年度终了时编制财务会计报告，并经会计师事务所审计”。而根据个人独资企业法第二十一条的规定：“个人独资企业应当依法设置会计帐簿，进行会计核算”。即法律并没有要求个人独资企业的财务会计报告必须经会计师事务所进行审计，相比而言，一人有限责任公司的财务核算要求要高于个人独资企业。可见，尽管一人有限责任公司的投资方式简单灵活，但财务核算要求相对较高，体现出国家对一人有限责任公司在内部控制上的从严要求，以更好地确保和维护利益相关人的权益，进一步降低投资人滥用有限责任原则而带来的风险。
六、税收政策适用不同
在税收政策适用上，一人有限责任公司较为复杂。根据《中华人民共和国企业所得税暂行条例》及相关法规的规定，一人有限责任公司属于企业所得税的纳税义务人，公司因生产经营而产生的利润应当首先依法缴纳企业所得税。在此基础上，一人有限责任可将税后利润分配给股东，此时根据投资主体的不同在税务处理方法上也有所不同。
如果投资主体是自然人，那么根据《中华人民共和国个人所得税法》的有关规定，投资者应就税后分配利润，按照“利息、股息、红利所得”项目缴纳个人所得税;如果投资主体是法人，根据《国家税务总局关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》（国税发[2000]118号）的规定：“凡投资方企业适用的所得税税率高于被投资企业适用的所得税税率时，除国家税收法规规定的定期减税、免税优惠以外，其取得的投资所德应按规定还原为税前收益后，并入投资企业的应纳税所得额，依法补缴企业所得税”。也就是说，当被投资企业----一人有限责任公司适用的企业所得税税率高于投资方适用的企业所得税税率时，对于一人有限责任公司分回的股息、红利，国家不向投资者（法人）退还一人有限责任公司因适用较高税率而多缴的企业所得税，当被投资企业----一人有限责任公司适用的企业所得税税率低于投资方适用的企业所得税税率时， 除国家税收法规规定的定期减税、免税优惠外，投资方需要补缴企业所得税。
对于个人独资企业的税收政策适用相对比较简单，根据国发[2001]16号的规定，“自2000年1月1日起，对个人独资企业和合伙企业停止征收企业所得税，其投资者的生产经营所得，比照个体工商户的生产、经营所得征收个人所得税”。也就是说，对于个人独资企业的生产经营所得，投资者并不需要先行缴纳企业所得税，而只需要比照个体工商户的生产、经营所得缴纳个人所得税。
七、法律责任不同
在法律责任上，一人有限责任公司与个人独资企业也存在很大的区别，主要体现在：一方面，公司法对一人有限责任公司的违法责任规定得更加细致具体，而在个人独资企业法中缺乏明确的法律规定，或者在法条中只有禁止性规范，而没有规定具体的处罚措施;另一方面，在对相同或类似的违法行为的法律制裁上，公司法对一人有限责任公司的规定更加严格、处罚的数额更大
1、股东人数的区别：
一人有限公司故名思义，一个股东成立的有限公司。
普通有限公司，股东为2-50人。
2、年报的区别：
一人有限责任公司应当在每一会计年度终了时编制财务会计报告，并经会计师事务所审计;个体工商户则只需依法设置会计帐簿来进行会计核算，无需经会计师事务所审计。
3、设立个数的区别：
一人有限公司规定：一个自然人只能成立一个一人有限公司。
普通有限公司，股东可成立多个有限公司。
一人有限责任公司应当在公司登记中注明自然人独资或者法人独资，并在公司营业执照中载明。
一人有限责任公司可以增加股东。但由于一人有限责任公司只能有一个股东，所以增加股东的，属于变更公司的类型，变为普通的有限责任公司，公司需要申请办理变更登记或者重新设立新的公司。
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