怀孕期间公司开除合同应当按照经济补偿金的二倍进行赔偿，用人单位违法解除劳动合同，劳动者要求继续履行的，用人单位应当继续履行，用人单位与劳动者解除劳动合同时一次性应当支付补偿金。
怀孕期间公司开除员工应该补偿经济补偿金的二倍。用人单位违法解除或者终止劳动合同，劳动者要求继续履行劳动合同的，用人单位应当继续履行；劳动者不要求继续履行劳动合同或者劳动合同已经不能继续履行的，用人单位应当依照经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。
公司解除劳动合同赔偿金在工作办理交接时就应当发放。
《劳动合同法》第五十条规定：用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。瑞律提醒您，用人单位依照本法有关规定应当向劳动者支付经济补偿的，在办结工作交接时支付。
通过法院判决的一次性解除劳动合同补偿金，其收入在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个人所得税；超过的部分按照《国家税务总局关于个人因解除劳动合同取得经济补偿金征收个人所得税问题的通知》的有关规定，计算征收个人所得税。
《关于个人与用人单位解除劳动关系取得的一次性补偿收入征免个人所得税问题的通知》第二款
个人领取一次性补偿收入时按照国家和地方政府规定的比例实际缴纳的住房公积金、医疗保险费、基本养老保险费、失业保险费，可以在计征其一次性补偿收入的个人所得税时予以扣除。
