1. 主体不同。依据《民事诉讼法》第244条和《网拍规定》第1条、第2条相关规定，司法拍卖的拍卖主体为执行法院；《企业破产法》第25条第（六）项规定“管理和处分债务人的财产”是破产管理人的法定职责，由此破产财产的拍卖主体一般为法院指定的破产案件管理人。
2、拍卖依据不同。司法拍卖是依据《民事诉讼法》等相关法律法规确定的具有强制执行力的法律文书，例如生效判决及债权公证文书等；破产财产拍卖依据《企业破产法》规定的经债权人会议通过或人民法院裁定生效的破产财产变价方案。
3、强制力不同。司法拍卖是被执行人拒不执行生效法律文书时的司法强制拍卖，是法院依职权进行拍卖，体现了人民法院处理民事纠纷过程中行使公权力；而企业破产案件中的破产拍卖是一种法定清偿程序，是各方力量博弈的集中体现，债权人对破产财产变价拍卖享有较高的知情权和决策权，未经债权人会议的授权，破产管理人不得超越或偏离变价方案的内容对破产财产进行处分。
