目前，我国国有土地使用权出让的方式有四种：协议、招标、拍卖、挂牌。在这四种方式中，招标和拍卖、挂牌具有公开性、竞争性，一般不存在低价出让国有土地使用权的现象;协议出让由于没有引入竞争机制，土地由谁使用，特别是土地出让金的确定，具有主观因素。非法低价(包括无偿)出让主要发生在以协议方式出让土地的行为上，因此规范协议出让最低价标准至关重要。
由以上规定可以看出，协议出让国有土地使用权的土地出让金不得低于协议出让最低价，协议出让最低价是衡量是否低价出让国有土地使用权的标准。然而，在实际工作中，由于出让土地类型、目的，取得土地利用状况等的差异，依靠以上原则确定的协议出让最低价标准来衡量是否低价出让国有土地已远远不够。一方面是可操作性低，出让土地有可能是新增建设用地直接协议出让;另一方面也有可能是原划拨土地使用权补交土地出让金;再者，还有可能是企业改制涉及的土地出让等。
不同情况地价内涵不一，缴纳土地出让金标准也应该有很大差异。
首先，仅按不同用途基准地价的一定比例确定的协议出让最低价标准，无法满足不同土地情况出让地价的需要，难于操作，致使有些地方公布的协议出让最低价标准形同虚设。
第二，具体出让地块地价内涵往往与协议出让最低价地价内涵不一致，二者不具有可比性，若以此确定协议出让土地出让金，既有可能导致国有土地资产流失，也往往会出现侵犯原土地使用者权益的情况。
第三，根据国土资源部《关于改革土地估价结果确认和土地资产处置审批办法的通知》，划拨土地使用权价格可作为企业权益计入企业资产，划拨土地需转为有偿使用土地的，按出让土地使用权价格与划拨土地使用权价格差额部分核算出让金，这已不大适用于按上述文件规定确定的协议出让最低价标准。
最低价确认方法协议出让最低价不能简单地由基准地价的一定比例确定，应分门别类针对具体出让土地类型及地价内涵制定标准。新增建设用地协议出让最低价确定。对于新增建设用地采用协议方式出让的，取得的土地形式有可能是生地、毛地或熟地。生地主要是指已完成土地使用批准手续而未进行基础设施配套开发和土地平整的土地，土地补偿费、安置补助费、征地过程中发生的税费等土地取得费用由申请使用土地者支付。其协议出让地价的核定应该是农用地转为建设用地所产生的土地增值费，或称土地所有权收益、土地纯收益。当然，土地出让金与新增建设土地有偿使用费是不同的，土地出让金是市、县人民政府土地行政主管部门将土地使用权出让给土地使用者，并由土地使用者按规定的标准向国家缴纳的土地出让的全部价款。而新增建设用地土地有偿使用费是指国务院或省级人民政府在批准农用地转用、征用土地时，向以出让等有偿使用方式取得新增建设用地的市、县人民政府收取的平均土地纯收益。虽然缴纳主体和性质不同，但由于新增建设用地征收标准的制定是由国土资源部按照全国城市土地分等和城镇土地级别、基准地价水平等情况确定的，其标准的制定办法与收取目的及土地出让金有相似性，因此，新增建设用地协议出让最低价的确定可以以此作为依据。
根据《新增建设用地土地有偿使用费收缴使用管理办法》确定，各地征收标准的制定以新增建设用地中依法纳入有偿供地的比例约为60%，从而确定平均纯收益征收定额标准，因此协议出让最低价的确定可按以下公式计算：协议出让最低价=新增建设用地土地有偿使用费征收标准÷60%毛地和熟地具备建设条件的土地，其协议出让最低价的确定可以以基准地价和生地出让最低价加上相应的土地开发费等综合考虑。土地价格是一个有机整体，依据土地构成分离出土地出让金有其片面性，在使用上也有局限性，一般只适用于工业用地，用于商业、住宅等用地并不适用。但对于目前制定新增建设用地(工业用途)协议出让最低价标准，却不失为行之有效的办法。
对于新增建设用地中用作商业、住宅用途的，其协议出让最低价的确定要以基准地价为准;以生地、毛地出让的，从基准地价中扣除相应的平均土地取得费、开发费等。企业改制涉及划拨土地使用权协议出让最低价确定。根据国土资源部《关于改革土地估价结果确认和土地资产处置审批办法的通知》，企业改制时，划拨土地需转为有偿使用土地的，按出让土地使用权价格与划拨土地使用权价格差额部分核算出让金。据此核算出的土地出让金就有可能低于标定地价的40%，对于企业改制涉及的补缴土地出让金，不能按“不低于标定地价的40%”作为衡量低价出让国有土地的标准。
第一条
根据《国务院关于将部分土地出让金用于农业土地开发有关问题的通知》(国发[2004]8号)的规定，从2004年1月1日起，将部分土地出让金用于农业土地开发。为加强对各地用于农业土地开发的土地出让金收入管理情况的检查、监督和考核工作，特制定本办法。
第二条
土地出让金用于农业土地开发的比例，由各省、自治区、直辖市及计划单列市人民政府根据不同情况，按各市、县不低于土地出让平均纯收益的15%确定。
从土地出让金划出的农业土地开发资金计算公式为：
从土地出让金划出的农业土地开发资金 = 土地出让面积×土地出让平均纯收益征收标准(对应所在地征收等别)×各地规定的土地出让金用于农业土地开发的比例(不低于15%)。
第三条
本办法所称土地出让平均纯收益征收标准是指地方人民政府出让土地取得的土地出让纯收益的平均值。由财政部、国土资源部根据全国城镇土地等别、城镇土地级别、基准地价水平、建设用地供求状况、社会经济发展水平等情况制定、联合发布，并根据土地市场价格变动情况适时调整。土地出让平均纯收益征收标准见附件一。
第四条
调整现行政府预算收入科目，将“基金预算收入科目”第85类“土地有偿使用收入”下的850101项“土地出让金”取消;增设850103项“用于农业土地开发的土地出让金”，反映从“土地出让金财政专户”中划入的用于农业土地开发的资金;增设850104项“其他土地出让金”，反映从“土地出让金财政专户”中扣除划入农业土地开发资金专账后的土地出让金。
第五条
市(地、州、盟)、县(市、旗)国土资源管理部门根据办理的土地出让合同，按季统计土地出让面积送同级财政部门，同时抄报省级国土资源管理部门、财政部门。
第六条
市(地、州、盟)、县(市、旗)财政部门根据同级国土资源管理部门提供的土地出让面积、城镇土地级别、土地出让平均纯收益征收标准和各省(自治区、直辖市)及计划单列市人民政府规定的土地出让金用于农业土地开发的比例(不低于15%)，计算应从土地出让金中划出的农业土地开发资金，并按照专账管理的原则和土地出让金缴交情况，由财政部门在次月5日前办理土地出让金清算时，按级次分别开具缴款书，办理缴库手续，将属于本市(地、州、盟)、县(市、旗)的用于农业土地开发的土地出让金收入(不低于农业土地开发资金的70%部分)缴入同级国库用于农业土地开发的土地出让金收入专账;将属于各省(自治区、直辖市)及计划单列市集中的用于农业土地开发的土地出让金收入(不高于农业土地开发资金30%的部分)按就地缴库方式缴入省国库用于农业土地开发的土地出让金收入专账。
第七条
各省(自治区、直辖市)及计划单列市人民政府要加强对用于农业土地开发的土地出让金收缴的监督，保证土地出让金专户资金优先足额划入用于农业土地开发的资金专账。
第八条
财政部和国土资源部要会同监察部、审计署等有关部门，对用于农业土地开发的土地出让金的提取比例、收入征缴情况进行定期或不定期的监督检查。各省(自治区、直辖市)及计划单列市人民政府要定期将用于农业土地开发的土地出让金收入管理情况报财政部、国土资源部。
第九条
财政部可授权财政部驻各地财政监察专员办事处对用于农业土地开发的土地出让金的收入管理情况进行监督检查。
第十条
各省(自治区、直辖市)及计划单列市人民政府可根据本办法，结合本地实际情况，制定用于农业土地开发的土地出让金收入管理实施细则，并报财政部、国土资源部备案。
第十一条
本办法自2004年1月1日起实行。
第十二条
本办法由财政部、国土资源部负责解释。
