单位制定制度扣工资不合法，劳动者有权解除劳动合同，要求用人单位支付补偿金，也可以携带相关证据到当地的劳动部门进行举报、投诉或者申请劳动仲裁。
单位制定制度扣工资不合法，在用人单位扣一个月工资时，劳动者可以解除劳动合同，要求单位支付未发放工资并要求单位支付经济补偿金。
依据《劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者工资。
《劳动合同法》第三十八条用人单位有下列情形的，劳动者可以解除劳动合同：未及时足额支付劳动报酬的。
第四十六条：有下列情形的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿：劳动者依照本法第三十八条规定解除劳动合同的。
公司扣工资是可以进行劳动仲裁的，依据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条 中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：
1.因确认劳动关系发生的争议;
2.因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议;
3.因除名、辞退和辞职、离职发生的争议;
4.因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议;
5.因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议;
6.法律、法规规定的其他劳动争议。
因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但公司扣工资不能超过员工月工资的百分之二十。瑞律提醒您，如果扣除工资后，剩余的工资低于所在地的最低工资标准，则按最低工资标准支付工资。
《劳动部关于印发的通知》第十六条
因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20％。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
